يعد الفلفل الحار صيدلية دوائية واسعة، فهو من ناحية يستخدم كفاتح للشهية، ويساعد علي الهضم، ويمكن الشرايين والاوردة الدموية من استعادة مرونتها، ومن ناحية اخرى يحتوي علي فوائد جمة تنعكس بشكل أساسي علي جهازي الدورة الدموية والهضم، وتنظيم ضغط الدم وتقوية نبضات القلب، وتخفيض الكوليسترول وتنظيف جهاز الدورة الدموية ومعالجة القرحة، وتوقف النزف، ويسرع من شفاء الجروح، وترميم الأنسجة التالفة، ويخفف من الاحتقان، كما أنه يخفف من آلام التهاب المفاصل والروماتيزم  وتمنع انتشار الأوبئة. 

ويعمل الفلفل الحار علي تنشيط جميع أجهزة الجسم وخلاياه، كما أنه يستخدم في كافة أنحاء العالم كمنشط وقابض ومضاد للتشنج، ومنعش للدورة الدموية ومضاد للكآبة، فضلاً عن أنه مضادة للبكتيريا ويشير العلماء، إلى أن نشاط الجهاز الذي يحلل الألياف يستمر لمدة 30   دقيقة  بعد تناول الفلفل الحار، ويساعد تناول كمية من الفلفل الحار يومياً علي بقاء تحليل الألياف فعلاً لمدة أطول، ولذلك فإن سكان تيوجويانا وأفريقيا وكوريا والهند لا يعانون من أمراض تجلط الدم بعكس سكان القوقاز الذين لا يتناولون الفلفل الحار في وجباتهم اليومية.
ويعزز الفلفل الحار الأحمر طاقة الجسم ويخفف من آثار الإجهاد الذي يتعرض له الإنسان، وكشفت التجارب بان الفلفل الحار يزيد من قدرة المريض علي التركيز، وتبين أن آثاره المضادة للإرهاق والمنشطة للجسم تحدث بشكل مؤقت وبدون أية أضرار.
يحتوي الفلفل الحار علي العديد من المواد الغذائية الضرورية لصحة جهاز الدورة الدموية بما في ذلك فيتامين 'سي' والأملاح المعدنية كما أنه يتضمن كميات كبيرة من فيتامين 'أ' الذي يساعد علي الشفاء من القرحة المعدية، وكلما اشتد احمرار الفلفل الحار زادت كمية فيتامين 'أ' فيها، وأحد أنواع الفلفل الحار ويدعي بابريكا يتميز بأنه يحمل أكبر كمية من فيتامين سي بين جميع الأنواع الأخرى.

ويعتبر الفلفل الحار علاجا ناجعا ضد مرض السكر والنفخة والتهاب المفاصل والبنكرياس, ومن الميزات الفريدة له قدرته علي العمل كمنشط، إذا أنه يعزز التأثيرات المفيدة للأعشاب الأخرى عن طريق ضمان التوزيع السريع والكامل للعناصر الفعالة في الأعشاب للمراكز الرئيسية في الجسم، كالأجهزة المسؤولة عن عمليات الاستقلاب، ونقل المعلومات، والتنفس الخلوي والنشاط الهرموني النووي.
يستخدم الفلفل الحار في معظم الخلطات العشبية لزيادة فعاليتها، فعند إضافته  للثوم، مثلا، فإنه يزيد من فعاليته كمضاد حيوي، كما أنه يقوي من تأثيره ليصبح  شبيها بالبنسلين، ومن المعروف أن الثوم و الفلفل الحار معا يعملان علي تخفيض ضغط الدم بسرعة وبشكل آمن.

وللشطة مفعول مضاد للبكتيريا، مما يجعلهما تساعد علي الشفاء من الإسهال الناتج عن عدوى الأمعاء كأغلب حالات الإسهال الصيفي ( لا تعطى الشطة لأطفال ممن هم أقل من سنتين، وبالنسبة للأطفال الأكبر سنا فتعطى بكمية بسيطة تزيد تدريجيا عند الضرورة.
. وقد ثبت أن مادة الكابسيسين لها مفعول مقاوم للصداع والذي يتميز بحدوث نوبات من الألم الشديد بأحد جانبي الرأس فمن خلال إحدى الدراسات قام المرضى بدهان أحد مستحضرات هذه المادة داخل تجويف فتحتي الأنف وعلى الأنف من الخارج، وبعد مرور خمسة أيام من الانتظام على هذا العلاج، استجاب أغلبهم للعلاج وزال عنهم الصداع.